防城港市妇幼保健院始建于1994年7月，承担全市妇幼健康工作业务指导和管理，为全市妇女儿童提供医疗保健服务，是我市唯一一家三级妇幼保健院，是全国爱婴医院、防城港市残疾儿童康复救助定点机构、防城港市婴幼儿照护服务指导中心、港口区高危孕产妇救治中心和重症新生儿救治中心，防城港市产科质量控制中心挂靠市妇幼保健院。医院曾获广西实施妇女儿童发展规划(2011—2020年)先进集体、第三批防城港市民族团结进步示范单位、全市先进职工之家等荣誉。

医院共设两个院区：长山院区位于防城港市港口区赤港街北侧，医院内、外、妇、儿科全面发展，设置预防保健科、妇产科、儿科、儿保科、内科、外科、口腔科、中医科、儿童康复科、妇儿心理卫生科、耳鼻咽喉科、眼科、放射科等临床、保健、医技20多个科室;渔万院区位于港口区渔万路23号，主要提供妇产科门诊、儿科门诊、儿童体检及预防接种、公共卫生项目服务。

医院拥超高清宫腹腔镜、超高清数字化三晶片内窥镜摄像系统、三、四维彩色多普勒超声波诊断仪、数字化X线摄像系统、高清电子阴道镜等有众多先进设备。提供完善预防、保健服务，承担本市2/3的妇女、儿童的医疗保健服务以及健康教育，指导全市基层医疗机构妇女儿童保健工作。

医院始终坚持妇幼卫生工作方针和妇幼保健院办院宗旨，以保健为中心，以保障生殖健康为目的，以科学技术为支撑，保健与临床相结合，面向基层，面向群体，以提高出生人口素质，守护妇女儿童健康为己任，紧抓发展机遇，融入新发展格局，提升医疗保健服务品质，为广大妇女和儿童提供一流服务而不懈努力。在市委、市政府与上级行政部门及广西壮族自治区妇幼保健院的帮助与支持下，医院服务能力产生了质的飞越。